Ah vale. Lo del formato "new" ya lo tenía porque lo leí por estos foros, pero no sabía que era equivalente a un azw3.
En las recetas no se especifica envíos, simplemente crea un nuevo título en la biblioteca de calibre. El ebook-convert es lo mismo pero en línea de comandos, y en vez de añadir el título a la colección simplemente crea el fichero en el disco, que puedes copiar directamente al kindle por scp (si tienes usbnetwork instalado). Yo lo uso para evitar meter en la biblioteca de calibre manualillos y tonterías de poca enjundia que me bajo.
En fin, menuda ensalada de formatos se han montado los de Amazon. Más les valía haber soportado epubs nativamente en su lector