ça fait partie des questions primordiales quand il s'agît d'ebooks !
personnellement, je les supprime* de ma liseuse après avoir intégré les éventuelles notes (corrections de coquilles la plupart du temps), mais je garde une copie sur mon pc (et je fais des copies de sauvegarde sur un autre disque). j'aime bien l'idée d'avoir toute sa bibliothèque sur soi mais j'arrête pas de trouver de nouvelles lectures et franchement je n'aurais pas la place de tout laisser.
j'utilise calibre pour gérer ma bibliothèque numérique, et lorsque j'ai lu un livre je rajoute une note avec les étoiles. en principe, la note devrait aussi dire combien j'ai aimé le livre, mais comme dans la pratique j'ai beaucoup de mal à chiffrer ce genre de truc j'en donne presque toujours 4.
il y en a qui créent des étiquettes dans calibre genre "lu" mais j'ai pas encore poussé le vice jusque-là.
*l'exception étant les livres que je relis souvent ou que je pourrais avoir envie de relire bientôt ; j'ai une petite collection de livres que j'aime avoir tout le temps sous la main au cas où, ceux-là je les laisse dessus.