Ich verstehe diesen Hang zum WinAmp-artige-alles-im-Explorer-verwalten einfach nicht... Wo die Dateien liegen und wie sie heißen, das spielt doch keine Rolle, oder? Das ist Sache des Programms, nicht des Nutzers.
Nicht, dass ich Calibre auf irgendeine Weise verteidigen möchte: das ist ein langsamer und äußerst unansehlicher Klotz undurchdacht verteilter Interfaceelemente. Aber eine Alternative kenne ich nicht.
Übrigens hier mal eine positive Stimme zu libris me! Nur vom Durchklicken der Screenshots her macht das doch einen durchaus netten Eindruck (mangels Windows habe ich es nicht ausprobiert, zugegeben).