Le chargement des grosses bibliothèques sur Kobo est souvent problématique (j'avais pas mal galéré pour charger 1500 livres sur ma Glo). Je te déconseille d'insérer la carte SD avec les 11000 livres dans l'appareil.
La seule solution pour éviter les plantages ou les temps de chargement démesurés est de procéder par envoi de petits paquets de 150 à 200 livres vers la mémoire interne de la liseuse ou la carte SD insérée dans l'appareil via Calibre. C'est long mais il n'y a pas d'autre solution.
Le fichier metadata est généré par Calibre au moment de l'export des livres : il permet de synchroniser la bibliothèque de Calibre avec celle de l'appareil. Si tu penses qu'il est corrompu, tu peux l'effacer. Calibre en recréera un nouveau la prochaine fois que tu brancheras la liseuse au PC.
Si tu ne l'as pas, je te conseille aussi d'installer dans Calibre le plugin
Kobo Device Driver Update qui permet entre autres de gérer automatiquement les étagères Kobo à partir de Calibre.